Trotz seiner geringen Fläche von bloss 3/4 Hektaren besitzt der Botanische Garten etwa 300 Gehölzarten, darunter auch einige grosse Bäume. Diese sind in der Regel nicht viel mehr als 120jährig.
Es gehören dazu:
Mammutbaum (Sequoiadendron giganteum)
Tulpenbaum (Liriodendron tulipifera)
Hängebuche (Fagus sylvatica var. pendula)
Schnurbaum (Sophora japonica)
Edelkastanie (Castanea sativa)
Sumpfzypresse (Taxodium distichum)
Ginkgo (Ginkgo biloba, Weibchen)

Ein Verzeichnis aller Gehölze ist 2011 erschienen und im Buchhandel, sowie bei uns am Infostand (Sonntags, 11-17 Uhr) erhältlich: Bruno Erny, Hanspeter Haller, Andreas Huber 2011: Die Gehölze des Botanischen Gartens der Universität Basel. pep + no name. ISBN 978-3-907510-17-9. Paperback. 50 S. CHF 15.